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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattggttgaaccctatatcttatacagtaataaagtcaccaattcgttttctagcattttgttgtgtctcttatttcagaacttatgctacgtttgccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAACTGGTTCAGGCGCAGAACCTACTGGAACCGCTACTAGTTTTCATCGATAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G10360.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10255097|gb|BE822863.1|BE822863
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
EST: gi|17402137|gb|BM178919.1|BM178919
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
EST: gi|58022276|gb|CX709017.1|CX709017
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
EST: gi|58022560|gb|CX709301.1|CX709301
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
EST: gi|12691055|gb|BG157391.1|BG157391
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
EST: gi|7478537|gb|AW666305.1|AW666305
EST:     TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAG                         GATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC
genomic: TTGATGCAAGCACAATAAAACGTGTTGCTAACCGATTTATTTATGACAAGgtattggttg ... gccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagcattttgttgtgtctcttatttcagaacttatgctacgtttgccctttcagGATATTGCAATTGCTGCTATGGGACCTATTCAGCGTTTGCCTGATTACAACTGGTTCAGGCGCAGAACCTACTGGAACCGCTACTAGTTTTCATCGATAT
                                          tttgccctttc  CT-rich tract
     attttgtt  TA-rich tract