Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgtccattcaaaccagttgttgtttatgttgcgtttaactttctgcctcaccacttggtacatgatattttcatgacttattaatgtccatatggcatgcattgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGAGACCTGATATATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G04580.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G04580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv08s0007g07420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtatgttgtccattcaaaccagttgttgtttatgttgcgtttaactttctgcctcaccacttggtacatgatattttcatgacttattaat-gtccatatggcatgcattgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGAGACCTGATATATTCAG
            | ||     ||  |||  | || |   || ||| || |     | ||  || |      |||| | |  | |||||    || ||  |  ||    ||   |||||| |||| |||||| ||  |  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
-----------ttacatttttgtctttgcctctgata--ttaaacattata---gagcaaatgcttttc--tattgttagtatttattgccagtgcaattaacacatttttgtttcagCCTCTAAATGGAAAGACACCACATCTGGTCAACATGTTGATTATGATCAGAGGCCTGACATATTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10845814|gb|BF068856.1|BF068856
EST:     ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGG                         CTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGA
genomic: ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGGgtatgttgtc ... ttgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGA
EST: gi|18692787|gb|BM521635.1|BM521635
EST:     ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGG                         CTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGA
genomic: ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGGgtatgttgtc ... ttgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGA
EST: gi|193585398|gb|FK539077.1|FK539077
EST:     ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGG                         CTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGA
genomic: ACCTGGATCAGCTGAAGATAAGAAGTTATATCTTATTGATCTTGGTCTGGgtatgttgtc ... ttgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtacatgatattttcatgacttattaatgtccatatggcatgcattgtcttcagCTTCTAGATGGAAGGATGCATCATCTGGTCTACATGTTGATTATGATCAGAGACCTGATATATTCAG
                      tattaat  putative branch site (score: 2)
                                             ttgtcttc  putative PPT
        atattttcatgactta  TA-rich tract