Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctatgctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G19670.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G19670.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctat--gctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA
 | | ||||  ||        | |   ||     || |  | | | |  || ||   |    ||   |||   | ||  |||   ||  | |     ||  |||||||  | ||||| |||||   ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| |
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattg-aactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctca--atgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA

upper sequence: GLYMA15G19670.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT1G54100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctatgctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA
   ||| |    ||  |   | ||   || || |   ||||| | ||  ||  ||   || ||    ||   |||    |||    ||     |  |||||| ||||  ||||| || |||||||| |||| ||||| ||| |||   ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
---gtacttccttaacta--tattccacctcccaaccaaacaca-ctgagcctactggtccat--cattgtcttctctttga-atatta----tgcatagGTGGGCTCAATGGTACAACAAACAGTGAATGCGAGATCTGGGAAAACTTTGCTTGAGTTGAGTGGAAACAATGCAATCATAGTCATGGACGATGCTGATA

upper sequence: GLYMA15G19670.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaa-actatgcaaacatatctatgctgtttagttcata---atgatgcgttcctgttat-atagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA
      ||     || |     ||   |  | | ||||     |   | ||      | || |||    | |    |||   ||  |  |    ||  || |||||| ||  | |||||||| ||| | || ||  | |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  ||||||| ||||| || |
-----catgccaaatttatactttacactgctttttaagctgcatgttctgtttttctttccatgggcatgaccatatacacatcttctgcatttgcaattatagGTGGGTCTAATGGTCCAACAAGCTGTCAACCAAAGATTTGGTAAATGCTTGCTTGAATTAAGTGGGAACAATGCCATCATTATCATGGAAGATGCTGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254334456|gb|GR844241.1|GR844241
EST:     TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAG                         GTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
genomic: TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAGgtatgttatg ... tgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
EST: gi|20449046|gb|BQ253170.1|BQ253170
EST:     TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAG                         GTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
genomic: TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAGgtatgttatg ... tgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
EST: gi|192309267|gb|FG999144.1|FG999144
EST:     TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAG                         GTTGGCTTGATGATCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
genomic: TAGCAAAAGACACCCGCATTCCCCTGGTTTCATTTACTGGAAGTTCAAAGgtatgttatg ... tgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
EST: gi|15813675|gb|BI785950.1|BI785950
EST:     TTCATTTACTGGAAGTTCAAAG                         GTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG
genomic: TTCATTTACTGGAAGTTCAAAGgtatgttatg ... tgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatgcaaacatatctatgctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA
                                         ttcctgtt  CT-rich tract
                                             tgttatata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctatgctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - -tcatgta
- - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - -cccccta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcgttc