1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaatttatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatggtattgaatcttttatgcttgaatttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTGGATTGGTTGCTGCCGGTGTTATTCCTTCTCCTTTTGATTATGCAGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G36280.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAG GTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTEST: gi|192312199|gb|FK003920.1|FK003920
genomic: GGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaatttata ... atttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
EST: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAG GTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTEST: gi|19348549|gb|BM893081.1|BM893081
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaatttata ... atttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
EST: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAG GTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTEST: gi|192312198|gb|FK003919.1|FK003919
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaatttata ... atttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
EST: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAG GTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTEST: gi|209724640|gb|BW651425.1|BW651425
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaatttata ... atttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
EST: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAG GTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaatttata ... atttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGT
tttagaacaattcagtcatgatggtattgaatcttttatgcttgaatttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTGGATTGGTTGCTGCCGGTGTTATTCCTTCTCCTTTTGATTATGCAGATG
tattgaatcttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatggtattgaatcttttatgcttgaatttgtatagGTCTGTGATAAGCAGAAGGCAGTTCTGTTGGCTGATATGGCACATATCAGTGGATTGGTTGCTGCCGGTGTTATTCCTTCTCCTTTTGATTATGCAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG