1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atcctcgtttcctaaccactaaccttatatatcctttaacaaaacaagttgatgaagagtttttatttggtgaatgtaacacacatgatgtttcttgcagTTAAGGGTGTACACTTCAGATGATGTTGTGAACCAATTGGGGAGGGCCAAAGTGGAGTACTTGGAGGCTTCAGTGGGTATCACAAGCAAGAGAAAGATAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G07390.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aagttgatgaagagtttttatttggtgaatgtaacacacatgatgtttcttgcagTTAAGGGTGTACACTTCAGATGATGTTGTGAACCAATTGGGGAGGGCCAAAGTGGAGTACTTGGAGGCTTCAGTGGGTATCACAAGCAAGAGAAAGATAC
atgtaac putative branch site (score: 3)
tgtttctt putative PPT
aagagtttttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcctcgtttcctaaccactaaccttatatatcctttaacaaaacaagttgatgaagagtttttatttggtgaatgtaacacacatgatgtttcttgcagTTAAGGGTGTACACTTCAGATGATGTTGTGAACCAATTGGGGAGGGCCAAAGTGGAGTACTTGGAGGCTTCAGTGGGTATCACAAGCAAGAGAAAGATAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - -ccactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acacaca