Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcataagcacacaactgaattgtattactgtatattggagaggacagacatatgatatatgcatataaattaataaattctaagtgagcttattcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAAAATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G05440.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G05440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv01s0137g00630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtatgcataagcacacaactgaattgtattactgtatattggagaggacagacatatgatatatgcatataaattaataaattctaagtgagcttattcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAAAATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT
    | ||  ||  |||| |||  ||  ||| |     ||  |    | | | |  |||  | |         ||  |  |   | |||        | |   || |||||||||||| |||| |||||||||||||||  | |||| ||| || ||| |  || |  | || |     ||       ||| | |||||||| | |||  
----gtatgtgcgtacaagtgacatgagttaattctctttatacttcaaaaataattgagctctc--------ttttttgaccttgagt--------tttctccttacagATGACTTTATGGTCTATGGCAAAGTCTCCACTAATGTTTGGTGGAGATGTGAGGGATCTCGACGACCCTACATACAAACTTCTTACAAATCCCATCCTGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgatatatgcatataaattaataaattctaagtgagcttattcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAAAATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT
                aattaat  putative branch site (score: 3)
                                     cttattcttatctc  putative PPT
     atatgcatataaatta  TA-rich tract