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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattaggaatgtccctctattagttctcttgtaactattattctagttgaggtgcatggatcctatgcacctatgtatttaagatgcatatgtcttctataccttcctacttttgtgattttgatagtgttataattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298535|gb|FG988506.1|FG988506
EST:     CCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: CCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|254330688|gb|GR841953.1|GR841953
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTG-TTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|4437020|gb|AI522885.1|AI522885
EST:     ATTAACAATGCTGTTTTTCNTGGTCTACAG                         GGGGGTCNTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: ATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|209729808|gb|BW658613.1|BW658613
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|254346600|gb|GR856322.1|GR856322
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|15815903|gb|BI788178.1|BI788178
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|58018378|gb|CX705120.1|CX705120
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|254335575|gb|GR847103.1|GR847103
EST:     GGGTTGATTTGGAG-CTGCCATTAACAATGCTGTTTTT-CTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|254345540|gb|GR851702.1|GR851702
EST:     ATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: ATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|254333982|gb|GR848900.1|GR848900
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|208324602|gb|GE122739.1|GE122739
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|298170634|gb|HO019258.1|HO019258
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|192301793|gb|FG994445.1|FG994445
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|7591183|gb|AW706921.1|AW706921
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|58023902|gb|CX710643.1|CX710643
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|18735429|gb|BM528760.1|BM528760
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|298195468|gb|HO043859.1|HO043859
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACT
EST: gi|254346462|gb|GR856184.1|GR856184
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|5127019|gb|AI748755.1|AI748755
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|208203372|gb|GD998812.1|GD998812
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT
EST: gi|298186489|gb|HO037122.1|HO037122
EST:     GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAG                         GGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGCTTGCTTGAAGTAT
genomic: GGGTTGATTTGGAGCCTGCCATTAACAATGCTGTTTTTCCTGGTCTACAGgtaaattagg ... aattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtcttctataccttcctacttttgtgattttgatagtgttataattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG
                              ttttgat  putative branch site (score: 4)
 attttgatagtgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaaattaggaatgtccctctattagttctcttgtaactattattctagttgaggtgcatggatcctatgcacctatgtatttaagatgcatatgtcttctataccttcctacttttgtgattttgatagtgttataattatccagGGGGGTCCTCATAACCACACAATTGGAGGACTAGCAGTTTGCTTGAAGTATGCTCAGTCTCCAGAATTTAAAAATTATCAAAATCAG

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