Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcctgagcagctgtatatctagtttctccataaggctagtcatggatttctgaagtccttgtcatggcttattaattccttttctggttccttaaatgttgtagCCTATGAGTATGGTGCGGAATTCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26190.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv13s0084g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaagcctgagcagctgtatatctagtttctccataag-----gctagtcatggatttctgaagtccttgtcatggcttattaattccttttctggttccttaaatgttgtagCCTATGAGTATGGTGCGGAATTCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAG
         | |||   | ||| |  |    ||||        |  | ||| | ||| ||| |   |  || |    ||  ||  |   | |  |||   |||  || |  |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  | || || |||||||| |||||||||||||| |||||
--------caacagtcttgtattttctcctgccattttctcttgtaaatcaggtattcctgga---caagtaaatttttcatagctaaatcttgggtctgtta--tggtccagCCAATGAGCATGGTGCGGAATTCATTTCGTGATCGCCGAGAGGGATATACTGATAAAGCAGTTGTCATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgaagtccttgtcatggcttattaattccttttctggttccttaaatgttgtagCCTATGAGTATGGTGCGGAATTCATTTAGTGACAGGCGTGAAGGATATACAGATAAAGCAGTTGTAATAAG
                    tattaat  putative branch site (score: 2)
                   ttattaattcctttt  TA-rich tract