1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gttagatgataagaccaattacataacctcaacttgttactgaacttattatgcagtggagttggactaatttgctttgcacttgttctctttctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGGAGCATAAAAGGAGGATGAACACAGGGAACTCAGAATGCATCTGTGAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G21310.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG CTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGEST: gi|208156079|gb|GD952343.1|GD952343
genomic: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAGgttagatgat ... tctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
EST: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG CTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGEST: gi|192317082|gb|FK007849.1|FK007849
genomic: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAGgttagatgat ... tctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
EST: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG CTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGEST: gi|192317081|gb|FK007848.1|FK007848
genomic: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAGgttagatgat ... tctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
EST: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG CTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGEST: gi|14126025|gb|BG790463.1|BG790463
genomic: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAGgttagatgat ... tctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
EST: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG CTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
genomic: ATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAGgttagatgat ... tctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAG
attatgcagtggagttggactaatttgctttgcacttgttctctttctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGGAGCATAAAAGGAGGATGAACACAGGGAACTCAGAATGCATCTGTGAGG
gactaat putative branch site (score: 2)
ctttgcacttgttctc putative PPT
actaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagatgataagaccaattacataacctcaacttgttactgaacttattatgcagtggagttggactaatttgctttgcacttgttctctttctgtttcagCTTCCAATTGCACTTTTGGTGTTTGGCTATGAAGCAGTGAAGTTGTACAAGGAGCATAAAAGGAGGATGAACACAGGGAACTCAGAATGCATCTGTGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG