1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgtataaatctattaggcaattactatgaacttcaatctttttttttctttttttaccaaagtgaattgtgttgttactggttctgacttctttcagctttgaaattcattttttttatctgacaaatgcaattattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTGAAGGATGATGGCACTAGCATGGGAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G18950.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|308222711|gb|HO760621.1|HO760621
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|151403355|gb|EV273165.1|EV273165
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGT-GCTGCTGCACTCACTTCEST: gi|209718616|gb|BW662708.1|BW662708
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTC
EST: AGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|58015889|gb|CX702631.1|CX702631
genomic: AGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|254347888|gb|GR854137.1|GR854137
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGC-TTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|58016827|gb|CX703569.1|CX703569
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTCTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|58015071|gb|CX701813.1|CX701813
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|151397287|gb|EV267160.1|EV267160
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|192301727|gb|FG997641.1|FG997641
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|192327146|gb|FK015538.1|FK015538
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTEST: gi|8669762|gb|BE190869.1|BE190869
genomic: TTTGCTAAAAAGTATGGCTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
EST: CTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAA GATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
genomic: CTTTCTTCCGTTGTTTGGAGATGGGAGCACAAAgtatgtataa ... attattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTT
acttctttcagctttgaaattcattttttttatctgacaaatgcaattattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTGAAGGATGATGGCACTAGCATGGGAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCA
tttgaaattcattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtataaatctattaggcaattactatgaacttcaatctttttttttctttttttaccaaagtgaattgtgttgttactggttctgacttctttcagctttgaaattcattttttttatctgacaaatgcaattattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTGAAGGATGATGGCACTAGCATGGGAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG