Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaagttgttacttattcattgaataatgtgtgaatttattacctcattcaactcgtgatacatttttgtaatggtgattcttgtctctgttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G37130.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G37130.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT1G22800.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
tcaagttgttacttattcattgaataatgtgtgaatttattacctcattcaactcgtgatacatttttgtaatggtgattcttgtctctgtttt---gtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT-----------------------------------
  ||  |||| |  | |  ||   || |   |   |||   ||  | |  | ||    | |  | ||| | ||     |||| || | | | ||      ||||  |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||    | |  |||||                                    
gtaaactgttcc--acttttttcctacttcatcg-tttgcaacaacgtgtatcttccaagaattatttctgatttgccttctcgtttatatctttctactcagCGATGGATCTTATAGAGCATCTTCGTGCGATGGGTGAAACCAATGCTCTTCTCGAGAGAAACAAGATTTTGAATCGTGAAACTGCTGTTGCCACGGCAGC

upper sequence: GLYMA12G37130.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv18s0001g06830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
tcaagttgttacttattcattgaataatgtgtgaatttattacctcattcaactcgtgatacatttttgtaatggtgattcttgtctctgttt-tgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT
|  | || ||| ||||  ||| | | |      || |||  |    | ||||  | |  ||  |   | ||    | |    ||  | |   | | || |||||| || || ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||   || |  | ||||
tgtaattatta-ttatatattaacttagaatataagttaaaaataaaatcaatgcatcttaattacctttatgtctcacatgtgcttttaactgtatgtagCTCTTGACCTAATAGAACATCTGCGTTCAATGGGTGAAACTAATGCTCTTCTACAGAAAAGCAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213593987|gb|DB981371.1|DB981371
EST:     CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|6846254|gb|AW348544.1|AW348544
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|254345258|gb|GR855808.1|GR855808
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|192297062|gb|FG990333.1|FG990333
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|26057334|gb|CA800248.1|CA800248
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|15200173|gb|BI424211.1|BI424211
EST:     CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|6071750|gb|AW101137.1|AW101137
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|208246428|gb|GE050242.1|GE050242
EST:     TGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: TGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|51335049|gb|CO978915.1|CO978915
EST:     CACCCTTCCAGGGGTTGATGTTGATGAGTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
EST: gi|192299412|gb|FG992530.1|FG992530
EST:     CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTG                         CTTTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT
genomic: CACCCTTCCAGGTGTTGATGTTGATGATTATGTAGTTAAATATGAAAGTGgtgagaaatt ... ttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcaactcgtgatacatttttgtaatggtgattcttgtctctgttttgtgcagCTCTGGAGCTTATAGAACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT
                                 ttcttgtctctgtttt  CT-rich tract
             atacatttttgtaat  TA-rich tract