1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtagttaaaccttgttgaagaagatgaaacagaggcataattatactgaactgtgtgtcttaggacaccacggagaatagtatgttgttgaaatgttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTTTTGATGATGTACCAGAAGCTCTAGAAAAGTGGCACACCTTGGGTATAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G35390.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTEST: gi|19269465|gb|BM885721.1|BM885721
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTEST: gi|58018251|gb|CX704993.1|CX704993
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTEST: gi|16342399|gb|BI967994.1|BI967994
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTEST: gi|22522469|gb|BU081280.1|BU081280
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTEST: gi|11274034|gb|BF324402.1|BF324402
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
EST: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAG GGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
genomic: ATGCTATGATTAAAGCTGATAGAAAGATCACTGCCTTAAAAGAGTTGCAGgtagttaaac ... atctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTT
ttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTTTTGATGATGTACCAGAAGCTCTAGAAAAGTGGCACACCTTGGGTATAA
tgctgat putative branch site (score: 3)
tttatct putative PPT
ttgaattcatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagttaaaccttgttgaagaagatgaaacagaggcataattatactgaactgtgtgtcttaggacaccacggagaatagtatgttgttgaaatgttctctatgttgaattcatatttgtgatattgctgatgtttgtttatctatgcagGGTCACATATGGAGAACTGGTTATGAGAATAATGAATTGGAGGGAATAGTTTTTGATGATGTACCAGAAGCTCTAGAAAAGTGGCACACCTTGGGTATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC