1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatataaataaattctgtcctggctctctttaaccaagttgtggagtccagattctttgttgaagtccactgactggcttcctgatgtgcagATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTGCCTGGAATCAAGATATGATTATATATCCTGCTAGCTACAAGTGGATCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G36000.3 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAG ATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTGEST: gi|6726423|gb|AW310777.1|AW310777
genomic: AAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAGgtatataaat ... tgatgtgcagATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTG
EST: AAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAG ATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTG
genomic: AAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAGgtatataaat ... tgatgtgcagATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTG
gttgtggagtccagattctttgttgaagtccactgactggcttcctgatgtgcagATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTGCCTGGAATCAAGATATGATTATATATCCTGCTAGCTACAAGTGGATCAT
cttcct CT-rich tract
attcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatataaataaattctgtcctggctctctttaaccaagttgtggagtccagattctttgttgaagtccactgactggcttcctgatgtgcagATTTTGTTGTGGATGCCTTGGACTATGCTATATCTAAGTTGTGAGATTCTGCCTGGAATCAAGATATGATTATATATCCTGCTAGCTACAAGTGGATCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA