Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctattttcctttaccgtgactcaaattgtgtctatttttggattcttggcactaatttgaatgattaatttatttttcttacatggatgtttccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTAGAAACTGAATAGCCAATTCCAATTATGTAAAATGTGAATGAAACTCCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G07530.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtaagctattttcctttaccgtgactcaaattgtgtctatttttggattcttggcactaatttgaatgattaatttatttttcttacatggatgtttccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAA--CTTCTTTAGAAACTGAATAGCCAATTCCAATTATGTAAAATGTGAATGAAACTCCAT
                    |||| |  || ||| ||  ||| || |  ||        |||  |   ||||| ||     ||||||||||||| || || |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| | |  ||  | | ||  ||      || |  |||  ||  ||  || | ||  |  ||  ||
--------------------gtgagtagaagtgtttcc-tttctgcagcct--------attctagccattaactt-----tcttacatggatggttgctattgcagGGATCTGTATGCTTCCTACATTGTTGAGAGCTTGAGGCAGTGAGACTCATCTGGAGGCTATGACCCCGACCCCA--TAATTATCATTTTAAGAAGTCTGGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22928719|gb|BU545858.1|BU545858
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|58018488|gb|CX705230.1|CX705230
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|151395789|gb|EV265666.1|EV265666
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTA
EST: gi|254328447|gb|GR835412.1|GR835412
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|10238705|gb|BE807593.1|BE807593
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|58014268|gb|CX701010.1|CX701010
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192310085|gb|FK000649.1|FK000649
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTAC
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTAC
EST: gi|192331258|gb|FK023769.1|FK023769
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAG-CACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192310086|gb|FK000650.1|FK000650
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192321263|gb|FK014353.1|FK014353
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAG-CACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|58022382|gb|CX709123.1|CX709123
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|58017496|gb|CX704238.1|CX704238
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|151397849|gb|EV267722.1|EV267722
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|10254828|gb|BE822594.1|BE822594
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|31469770|gb|CD411798.1|CD411798
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|151402592|gb|EV272405.1|EV272405
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGACGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAG-CACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192333274|gb|FK026155.1|FK026155
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|209729103|gb|BW655080.1|BW655080
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCT
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCT
EST: gi|37996150|gb|CF807739.1|CF807739
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|22930561|gb|BU547700.1|BU547700
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192323914|gb|FK015665.1|FK015665
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|26057763|gb|CA800677.1|CA800677
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGG
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGG
EST: gi|58017619|gb|CX704361.1|CX704361
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192325458|gb|FK018399.1|FK018399
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTA-GGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|151406239|gb|EV276054.1|EV276054
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|254336463|gb|GR842642.1|GR842642
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192321262|gb|FK014352.1|FK014352
EST:     GAAGACTTTTTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|151401645|gb|EV271458.1|EV271458
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|19934354|gb|BQ079393.1|BQ079393
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|193553113|gb|FK507748.1|FK507748
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTCTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192316544|gb|FK009313.1|FK009313
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|9986810|gb|BE660918.1|BE660918
EST:     GAAGACTTTCTACCGGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAATTACTCCAT                         GGACTTGNATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
EST: gi|192294924|gb|FG986647.1|FG986647
EST:     GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCAT                         GGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA
genomic: GAAGACTTTCTACCAGCTGAAGCTGCCATTGATGCCATCAAGTACTCCATgtaagctatt ... ccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcactaatttgaatgattaatttatttttcttacatggatgtttccttttgcagGGACTTGTATGCTGCTTACATAGTTGAGAGCTTAAGGCACTAACTTCTTTAGAAACTGAATAGCCAATTCCAATTATGTAAAATGTGAATGAAACTCCAT
                            ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                        tgtttcctttt  putative PPT
     taatttgaatgattaa  TA-rich tract