1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...accaaagctggtttagattgttgttagtcagtctctaccttgctcacttttctgctttatctctgatattgctattgcacatatgttgtgtgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGGAAAGCAGTTGGCCACCTGCAATCCCACAGCTTAACAGTGACACAGATGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G41620.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAG GCCCAANNNGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGGEST: gi|193535467|gb|FK492137.1|FK492137
genomic: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAGgtatgtagtg ... tgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGG
EST: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAG GCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGGEST: gi|26048725|gb|CA785178.1|CA785178
genomic: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAGgtatgtagtg ... tgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGG
EST: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCGTCTTCATGTAAG GCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGCGGGTTCATGGEST: gi|193499310|gb|FK459201.1|FK459201
genomic: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAGgtatgtagtg ... tgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGG
EST: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAG GCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGG
genomic: TTTCTTTATGTTGCGATCATAAGGGTGAGCTTGTTGCTTCTTCATGTAAGgtatgtagtg ... tgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGG
acttttctgctttatctctgatattgctattgcacatatgttgtgtgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGGAAAGCAGTTGGCCACCTGCAATCCCACAGCTTAACAGTGACACAGATGG
tttatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accaaagctggtttagattgttgttagtcagtctctaccttgctcacttttctgctttatctctgatattgctattgcacatatgttgtgtgcattgcagGCCCAATCTGCAGCAGTTGCTGAGGTATGGCTTTGGCAGGTGGGTTCATGGAAAGCAGTTGGCCACCTGCAATCCCACAGCTTAACAGTGACACAGATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - gctggtt
- - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - ctctacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtg