Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtaattactaagttcttgaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatagaaactaaattgtgacataaattttccttgcttcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGTGTCAAAAATTGTGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G40340.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193392407|gb|FK358300.1|FK358300
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|193358102|gb|FK319702.1|FK319702
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGG-TTAAA
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAA
EST: gi|207762698|gb|GD732929.1|GD732929
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGT
EST: gi|208302566|gb|GE099057.1|GE099057
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGT
EST: gi|208220705|gb|GE018499.1|GE018499
EST:     GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCG                         GATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGT
genomic: GAGGTTGTTGGCATGAAGCTAGGAATGGACATGCATATTCTGCTTGTTCGgttagtaatt ... tcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatctataatagaaactaaattgtgacataaattttccttgcttcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGTGTCAAAAATTGTGAAG
               aactaaa  putative branch site (score: 2)
                                  ttttccttgcttcat  putative PPT
      tataatagaaactaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtaattactaagttcttgaatgttgacactttactctgcatggtttgtaaatctataatagaaactaaattgtgacataaattttccttgcttcatggacagGATGATGGAGGGGTTAAATGCAAGTGTCCTGCAGGCTTTAAAGGTGATGGTGTCAAAAATTGTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG