Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtgaatttatggcttatgtttgaaattaaatgttcatttacaatgtaagtcatgtcatgctgatttgtagttagtatgtagGTAGTTGGAGGTATGGATGATCAAATTCCATTAGTTCCATCATCAACTGGAGTTCAGGTTATTACATATTCAAAGCTACTTAATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G39540.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G39540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv05s0020g03080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
--------------------------------gtatgtgtgaattta-tggcttatgtttgaaattaaatgttcatttacaatgtaagtcatgtcatgctgatttgtagttagtatgtagGTAGTTGGAGGTATGGATGATCAAATTCCATTAGTTCCATCATCAACTGGAGTTCAGGTTATTACATATTCAAAGCTACTTAATCAG
                                | |||| || ||    |  | |  | || |     |||||    ||   ||| ||||   || || ||| |||    ||  ||   ||||||||||||| || || |||||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||| ||||||
gtataaaaggctatatctgatctttcttaattgaatgtctggataagctaacattggctttagtgctaatgtatggttttcatgaaagtt-cgttat-ctgctttcc--tttttacacagGTAGTTGGAGGAATAGACGATCAAATGCCATCACTTCCATCAACAACTGGAGTTGAGGTTGTATCATATTCAAAACTACTCAATCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatgttcatttacaatgtaagtcatgtcatgctgatttgtagttagtatgtagGTAGTTGGAGGTATGGATGATCAAATTCCATTAGTTCCATCATCAACTGGAGTTCAGGTTATTACATATTCAAAGCTACTTAATCAG
                               tgctgat  putative branch site (score: 3)
         atttacaat  TA-rich tract