Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttacttgattgtcatgtgatatatgtaactacctgctgatgtagaatgatggacaattaagccttattctgatacctacatatcttatgaaattaacagTTAATGCCAATTCTGGAAGCTCTATACAATGCTCCAAGTAGGACAGCTAATCAAATTTACATGTTGCTAATTATACTTCTCATACTCAGTCAAGATTCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38920.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G38920.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT1G04200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
--------------------------------------------------tttacttgattgtcatgtgatatatgtaactac-ctgctgatgtagaatgatggacaattaag-ccttat--tctgatacctaca---tatcttatgaaatt--------aacagTTAATGCCAATTCTGGAAGCTCTATACAATGCTCCAAGTAGGACAGC---TAATCAAATTTACATGTTGCTAATTATACTTCTCATACTCAGTCAAGATTCTT
                                                  |||  |  |||||| |   |  ||   | | |  |  ||| | ||  |      |  || ||| ||||||  | | |||   |     |||  | | | |||         |||||| ||||| || |||||  | || || || ||| |||  || ||| |   ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||   
gtatgattcataaatgcctctcaataagttccatgggtctatttcattcttttgttccattgtccttaaaagtagaaatccattcctctgttttactaacccttaagatgaagtccttatagtttcatattaatgatctatgctttaatattttttgatggacagTTGATGCCCATCCTGGAGACGCTGTATAACGCTTCAAAGAGAACATCATCTAATCAAATATACATGATGCTAATTGTACTTCTCATACTTAGTCAGGATT---


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgatggacaattaagccttattctgatacctacatatcttatgaaattaacagTTAATGCCAATTCTGGAAGCTCTATACAATGCTCCAAGTAGGACAGCTAATCAAATTTACATGTTGCTAATTATACTTCTCATACTCAGTCAAGATTCTT
                      ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                   atatcttatgaaatta  TA-rich tract