1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...aggaactggaccccctcctgcttatttgttctcttgattatttgcttttagataagctgaaatgaatgcattatcaaatcttagctaactttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCAATGGTGCAATAATGAAATGTGTACGTGATCAAAATGGAAACCATGTTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G35290.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAG GCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCEST: gi|6914723|gb|AW396253.1|AW396253
genomic: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAGgtgcctttca ... ttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTC
EST: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAG GCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCEST: gi|21889642|gb|BQ742855.1|BQ742855
genomic: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAGgtgcctttca ... ttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTC
EST: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAG GCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTC
genomic: ATGTTTTACCTCTTAGTCTGCAAATGTATGGTTGCAGAGTGATTCAAAAGgtgcctttca ... ttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTC
ttttagataagctgaaatgaatgcattatcaaatcttagctaactttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCAATGGTGCAATAATGAAATGTGTACGTGATCAAAATGGAAACCATGTTA
agctaac putative branch site (score: 2)
ctttatt CT-rich tract
attatcaaatctta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaactggaccccctcctgcttatttgttctcttgattatttgcttttagataagctgaaatgaatgcattatcaaatcttagctaactttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCAATGGTGCAATAATGAAATGTGTACGTGATCAAAATGGAAACCATGTTA
- - - - - ccccctc
- - - - - - - - -ctgctta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctaact