1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tatatatgtgaattaattagttcgtattagataactattgcactttgtggacaatgtgctaattagcaagagactgatgatagtgtctgtttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCATTGTCGTGCTTTCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G30880.3 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|14990470|gb|BI316143.1|BI316143
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|7590892|gb|AW706635.1|AW706635
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|17401408|gb|BM178190.1|BM178190
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|254336691|gb|GR842870.1|GR842870
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|21256589|gb|BQ453477.1|BQ453477
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: GTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|22523739|gb|BU082550.1|BU082550
genomic: GTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|13482379|gb|BG511722.1|BG511722
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|254336692|gb|GR842871.1|GR842871
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|10253210|gb|BE820976.1|BE820976
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: GAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|14258404|gb|BG881312.1|BG881312
genomic: GAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGNAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|8286113|gb|BE023672.1|BE023672
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCEST: gi|31460921|gb|CD402949.1|CD402949
genomic: AAGTACATGGAAGAACGTGGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCATCAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGC
EST: GGTATCCTTGTGATGCCAGAGAGTTCATCCAAG AATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATG
genomic: GGTATCCTTGTGATGCAAGAGAGTTCAT-CAAGgtcttgtttt ... ttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATG
tgtggacaatgtgctaattagcaagagactgatgatagtgtctgtttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCATTGTCGTGCTTTCAG
tctgttt CT-rich tract
tgtttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatatatgtgaattaattagttcgtattagataactattgcactttgtggacaatgtgctaattagcaagagactgatgatagtgtctgtttaattccagAATGAGAGTTGTTCTCCACCACCAAATATCAGCAAGTGATGTGCAATATGCATTGTCGTGCTTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtctg