1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...attaaacttttattttggcttcaactaattttaaccccatgtacatgaatgctttcataagttttaactgttggactatgcatgtttttaactttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACGGCTACTGAGAGGACCATTTGCTGCATACTGGAGAACAACCAGAAGGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G29600.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTACAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAG AGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACGEST: gi|9903358|gb|BE612326.1|BE612326
genomic: GTACAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAGgttagtaatg ... actttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACG
EST: CAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAG AGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACGEST: gi|42723108|gb|CK769007.1|CK769007
genomic: CAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAGgttagtaatg ... actttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACG
EST: GTACAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAG AGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGGTAAACTCTACTCTAACG
genomic: GTACAGACTATCAGGCCAGAAGATTAGAAATTCGATATGGTCAGAAAAAGgttagtaatg ... actttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACG
tgaatgctttcataagttttaactgttggactatgcatgtttttaactttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACGGCTACTGAGAGGACCATTTGCTGCATACTGGAGAACAACCAGAAGGAAG
ttttaac putative branch site (score: 2)
ctttcgc CT-rich tract
tttcataagttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attaaacttttattttggcttcaactaattttaaccccatgtacatgaatgctttcataagttttaactgttggactatgcatgtttttaactttcgcagAGCAATGAGCAGATGAAGCAATATGTTCACTTGTTAAACTCTACTCTAACGGCTACTGAGAGGACCATTTGCTGCATACTGGAGAACAACCAGAAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - -tggcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - -accccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgtt