Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaacagccatcggattcatgattatttcaaggtttcaattttaatacttatgtttttattcatgcgcaagaatgatatgaagtttaaaacctttttattttgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGAATTTTGTTTGGTTGTGAAGACATACATGCTTTCAAAGGCTGCTATTATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G05130.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209704319|gb|BW683551.1|BW683551
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|151397331|gb|EV267204.1|EV267204
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGTATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAG-CGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|31561493|gb|CD487331.1|CD487331
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|213601035|gb|DB983710.1|DB983710
EST:     AACGACTTCCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|58020419|gb|CX707161.1|CX707161
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|22931726|gb|BU548865.1|BU548865
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|192317150|gb|FK009765.1|FK009765
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|192302348|gb|FG996658.1|FG996658
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCCTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|13479092|gb|BG508435.1|BG508435
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|193423930|gb|FK390269.1|FK390269
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCG-AATACGTTG
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTG
EST: gi|193384347|gb|FK351809.1|FK351809
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|31305438|gb|CD390641.1|CD390641
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
EST: gi|193341625|gb|FK305899.1|FK305899
EST:     AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCAT                         GACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA
genomic: AACGACTTTCTTCCTGCTTCAGCTGCCTATGAAGCTATCAAGCATTCCATgtaagtaaca ... tgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattcatgcgcaagaatgatatgaagtttaaaacctttttattttgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGAATTTTGTTTGGTTGTGAAGACATACATGCTTTCAAAGGCTGCTATTATA
                                  cctttttattttgtt  CT-rich tract
                   atatgaagtttaaaac  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtaacagccatcggattcatgattatttcaaggtttcaattttaatacttatgtttttattcatgcgcaagaatgatatgaagtttaaaacctttttattttgttgtgaagGACCTTATATGCGGAATACGTTGTGGAGAACTTGAGGCGGTAGAGCTTGGAATTTTGTTTGGTTGTGAAGACATACATGCTTTCAAAGGCTGCTATTATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT