1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaattttatttgttttaatattttattgctccaccaatttttagacctttcctctaatcacatgtgctttgcttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G40990.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|207838375|gb|GD811129.1|GD811129
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|207777548|gb|GD747509.1|GD747509
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAAEST: gi|208317303|gb|GE113256.1|GE113256
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGA-
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|208090698|gb|GD889625.1|GD889625
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: AATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGNGEST: gi|193437777|gb|FK399612.1|FK399612
genomic: AATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|193685282|gb|FK625770.1|FK625770
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: TGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|208329355|gb|GE131269.1|GE131269
genomic: TGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGEST: gi|193423091|gb|FK389318.1|FK389318
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAG
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAAEST: gi|193500706|gb|FK464503.1|FK464503
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAA
EST: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGGATG GGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTA
genomic: CGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATGgtaattttat ... cttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTA
tgctccaccaatttttagacctttcctctaatcacatgtgctttgcttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAG
ctctaat putative branch site (score: 3)
ctttgctt putative PPT
aatttttaga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattttatttgttttaatattttattgctccaccaatttttagacctttcctctaatcacatgtgctttgcttgttatagGGGAGACTTGCACCCAGCTTTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAATAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA