Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccaatatataattttatctatatagtgcaatattcttgcaaggaatagtataccttttgatatacaattttgttgttagGAGCCCTTGTTGAATGGAGTTGCACCTGGTGCACAAATAATATCTTGTAAAATTGGGGATTCTCGCTTAGGTTCAATGGAAACAGGAACTGGTTTGATTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G25250.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G25250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv16s0050g00510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtaccaatatataattttatctatatagtgcaatattcttgcaaggaatagtatac-----------cttttgatatacaattttg-------ttgt-tagGAGCCCTTGTTGAATGGAGTTGCACCTGGTGCACAAATAATATCTTGTAAAATTGGGGATTCTCGCTTAGGTTCAATGGAAACAGGAACTGGTTTGATTC
 ||  | ||| || |||||| | | |     |||| |  |     ||| | ||| |           ||||| | |   | ||||        ||||  ||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| || ||||   
-taaaattatttatttttatttttgtttaaaaatagttgttttcagaaaattattctctattttgtacttttaaaaactatttttaaaaatatttgtacagGAGCCATTGTTGAATAGAGTTGCAGCTGGAGCACAGATGATATCTTGTAAAATTGGAGACTCACGCCTAGGTTCAATGGAAACAGGAACAGGCTTGACCA

upper sequence: GLYMA09G25250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
------------------------gtaccaatatataattttatctatatagtgcaatattcttgcaaggaatag-tataccttttgatatacaattttgttgt-tagGAGCCCTTGTTGAATGGAGTTGCACCTGGTGCACAAATAATATCTTGTAAAATTGGGGATTCTCGCTTAGGTTCAATGGAAACAGGAACTGGTTTGATTC
                         || ||   | || |  |   |   |  |||| |  | ||  | | || |  | |||||||||| |||     |||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| || || ||||   
gtaatatgctattaacattcgaaaatagcatactctattcctgcattattcctgcatttcttttatacgaaacaaatttaccttttgaaatatgccattgttgtacagGAACCATTGTTGAATGGAGTTGCACCTGGAGCACAAATAATATCTTGTAAAATTGGAGACTCACGCCTAGGTTCAATGGAAACAGGGACAGGCTTGACCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgcaatattcttgcaaggaatagtataccttttgatatacaattttgttgttagGAGCCCTTGTTGAATGGAGTTGCACCTGGTGCACAAATAATATCTTGTAAAATTGGGGATTCTCGCTTAGGTTCAATGGAAACAGGAACTGGTTTGATTC
                              ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                           ttttgtt  putative PPT
                              ttttgatatacaattt  TA-rich tract