1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aaatctttaatttcagagctagaaattttccattcgccctcataagaatatacatgctttgtttgcttacatttatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGGGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCATATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G43220.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAEST: gi|22524880|gb|BU083691.1|BU083691
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAEST: gi|192300945|gb|FG993005.1|FG993005
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAEST: gi|22524871|gb|BU083682.1|BU083682
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTATGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAEST: gi|22522343|gb|BU081154.1|BU081154
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAEST: gi|192300944|gb|FG993004.1|FG993004
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTACCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
gaatatacatgctttgtttgcttacatttatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGGGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCATATGA
tttattc CT-rich tract
ttgatttgatttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatctttaatttcagagctagaaattttccattcgccctcataagaatatacatgctttgtttgcttacatttatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGGGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCATATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - cgccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg