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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatactttatactataattcatggctttacttagcaacattaatatccattttgatgtgcttctaacttccctttttttttttttatatttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTATTTGAATAGTTACGTGTATTGTCTATATAGTGCTGAGCAAATAATATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G42300.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208209920|gb|GE004443.1|GE004443
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|17020848|gb|BM091882.1|BM091882
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|208314039|gb|GE113501.1|GE113501
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAG
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAG
EST: gi|8285076|gb|BE022635.1|BE022635
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTA
EST: gi|208227543|gb|GE022768.1|GE022768
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|208220569|gb|GE017145.1|GE017145
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|208266810|gb|GE061925.1|GE061925
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|193630390|gb|FK580415.1|FK580415
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTA
EST: gi|193436001|gb|FK398989.1|FK398989
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|207822154|gb|GD793515.1|GD793515
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
EST: gi|208330105|gb|GE127682.1|GE127682
EST:     GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGT                         CTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA
genomic: GATGATCAACAACAATACTCTCGTCAAGACCACACTGCTCTCCAACTTGTgtaagcattc ... ttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atccattttgatgtgcttctaacttccctttttttttttttatatttgaatgcagCTGATATGCTGGAAGTTAAAGCTACTGGAAGTTCATGGCTCTAGCTAGCTATTTGAATAGTTACGTGTATTGTCTATATAGTGCTGAGCAAATAATATTG
                ttctaac  putative branch site (score: 1)
             tgcttctaacttccct  CT-rich tract
                   taacttcccttttttt  TA-rich tract