Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgacatcctacatatctttttaatttgggttgagggatttctcctgccaggatgacttatttcttgatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G42230.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G42230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv12s0142g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtattgacatcctacatatctttttaatttgggttgagggatttctcctgccaggatgacttatttcttgatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAG
||| | |  |  | || |||||  | ||   | |  |  | || ||| |   |     ||| ||     | ||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| ||  ||
gtaattatgttttgcaaatctt--tgatagtgttatataggttcctctttgaactgaaactaatg----gttgttttgttt-ggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagggatttctcctgccaggatgacttatttcttgatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAG
                              tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                      ccttgtttt  CT-rich tract
                         ttatttctt  TA-rich tract