Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctaagattgaacattcatttcaagcatctgttttatcattctccgtttggtcaagttatacctgttaattacttaaaataactatgattttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTATCTCAGATATTATGGTCTTCTGGGGCAGCGTTTCTGCATGATCAACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G41440.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G41440.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv15s0045g01110.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gctaagattgaacattcatttcaa-----gcatctgttttatcattctccgtttggt-caagttatacctgttaattacttaaaataactatgattttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTATCTCAGATATTATGGTCTTCTGGGGCAGCGTTTCTGCATGATCAACAAAG
  ||  | |  |||||  | |  |     | ||   | |||   || |    ||||  |||||| ||     |||    |||   | | ||||| ||      ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
--tactagtatacatttctgtgtatgtgcgtattgctgttagttttattaacttggagcaagttttatagactaaccctttatcttga-tatgacttat---ccagATGGAATTATGCATTATGCTGTTGGAATGCTGCAGTCAAGAGAGAACTTACCTCCGCTATTATGGTCTTCTGGGGCAGCGGTTTTGCATGATCAACAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193398482|gb|FK362108.1|FK362108
EST:     ATTAAGCTAGAGTCCTAGGTTCTAAGAG                         ATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTA
genomic: ATTAAGCTAGAG-CC-AGG-TC-AAGAGgtgagcttgg ... ttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTA
EST: gi|193319754|gb|FK284743.1|FK284743
EST:     ATTAAGCTAGAGCCAGGTCAAGAG                         ATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTAT
genomic: ATTAAGCTAGAGCCAGGTCAAGAGgtgagcttgg ... ttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTAT
EST: gi|193398799|gb|FK365197.1|FK365197
EST:     ATTAAGCTAGAGCCAGGTCAAGAG                         ATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTAT
genomic: ATTAAGCTAGAGCCAGGTCAAGAGgtgagcttgg ... ttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttggtcaagttatacctgttaattacttaaaataactatgattttggtgacagATGGAATTGTGCATTATGCTTTTGGAATGTTGTAGCCAAGAGAGAACCTATCTCAGATATTATGGTCTTCTGGGGCAGCGTTTCTGCATGATCAACAAAG
                               aaataac  putative branch site (score: 2)
                  tgttaattacttaaaa  TA-rich tract