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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcactatatttgcctttgtcccaccacttaattttgtacttgccaggcttgtctaagctggatttttcaatgctgtgctgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G32090.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254335594|gb|GR847122.1|GR847122
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|120494681|gb|EH222848.1|EH222848
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192313583|gb|FK004165.1|FK004165
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|22929333|gb|BU546472.1|BU546472
EST:     TGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: TGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192313582|gb|FK004164.1|FK004164
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|51336342|gb|CO980208.1|CO980208
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254335595|gb|GR847123.1|GR847123
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|193456982|gb|FK422748.1|FK422748
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|7692091|gb|AW760206.1|AW760206
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|120494767|gb|EH222934.1|EH222934
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtacttgccaggcttgtctaagctggatttttcaatgctgtgctgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
                            atttttcaat  TA-rich tract