Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatgagtcatcacagaactattcatgtaggttaattttcttttctttatcactaattgaattcttgtcatgatcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G18750.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120491870|gb|EH220037.1|EH220037
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|20498513|gb|BQ273443.1|BQ273443
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTC
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTC
EST: gi|120533762|gb|EH261895.1|EH261895
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|19453492|gb|BM954902.1|BM954902
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|213596244|gb|DB960176.1|DB960176
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATC
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATC
EST: gi|20207665|gb|BQ133754.1|BQ133754
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAAGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCCGCCAAATTGATCGT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGT
EST: gi|105634801|gb|DW247668.1|DW247668
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGACGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGT
EST: gi|9204532|gb|BE330756.1|BE330756
EST:     TGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120534301|gb|EH262434.1|EH262434
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120494498|gb|EH222665.1|EH222665
EST:     ACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: ACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|13481886|gb|BG511229.1|BG511229
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|5606564|gb|AI900662.1|AI900662
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120533257|gb|EH261390.1|EH261390
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|17153752|gb|BM143685.1|BM143685
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|209719072|gb|BW659375.1|BW659375
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120534568|gb|EH262701.1|EH262701
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|15284817|gb|BI468708.1|BI468708
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120534652|gb|EH262785.1|EH262785
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120529200|gb|EH257334.1|EH257334
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|9204621|gb|BE330845.1|BE330845
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|20449450|gb|BQ253574.1|BQ253574
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|23063750|gb|BU578617.1|BU578617
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120494885|gb|EH223052.1|EH223052
EST:     TTTGAA-GATTGGACCTGGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATAGGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|10233637|gb|BE802525.1|BE802525
EST:     TGTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGG
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGG
EST: gi|10236189|gb|BE805077.1|BE805077
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|209728198|gb|BW651633.1|BW651633
EST:     TTTGACATTGAAGAAC-TTGNAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTGACATTGAAGAACTTTG-AAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|7283676|gb|AW596280.1|AW596280
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|9440450|gb|BE440955.1|BE440955
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|120529512|gb|EH257646.1|EH257646
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|31466947|gb|CD408975.1|CD408975
EST:     GAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: GAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
EST: gi|209725760|gb|BW659891.1|BW659891
EST:     TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAA                         GCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT
genomic: TTTTGACATTGAAGAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGAAAGATGGACAAAgtaagatgag ... atcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggttaattttcttttctttatcactaattgaattcttgtcatgatcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG
                       cactaat  putative branch site (score: 2)
                                              tcctttc  putative PPT
     taattttcttttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagatgagtcatcacagaactattcatgtaggttaattttcttttctttatcactaattgaattcttgtcatgatcctttcagGCTGATGACTCTGGACTTGCTTCATATGTTGCCGGTCAAATTGATCGTACTCTTAGCTGGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG