1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaagggattaaaaagaaaaagttggacttagttgtgattatctaatcataatcacccaatatcctgatttttttactgcaatatcctgatgttatgttgcctttgaaattatattacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCATGTAGCTGCTCTTTATGATGATAAAATTCTTTATATATTTGGAGGATCATCAAAATCCAGGACCTTAAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G38020.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACAC GGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCATGTAGCTGCTCTTTATGATGAEST: gi|208182529|gb|GD980430.1|GD980430
genomic: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACACgtaagggatt ... ttacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCATGTAGCTGCTCTTTATGATGA
EST: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACAC GGGAACAGCACCTTCTEST: gi|207840571|gb|GD812248.1|GD812248
genomic: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACACgtaagggatt ... ttacttgcagGGGAACAGCACCTTCT
EST: CTACATATGTCCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACAC GGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCAEST: gi|208138046|gb|GD939396.1|GD939396
genomic: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACACgtaagggatt ... ttacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCA
EST: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACAC GGGAACAGCACCTTCTCCAA
genomic: CTACATATGTTCGATCTCAAGTCCTTAACATGGCTTCCACTTCACTACACgtaagggatt ... ttacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAA
ttttttactgcaatatcctgatgttatgttgcctttgaaattatattacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCATGTAGCTGCTCTTTATGATGATAAAATTCTTTATATATTTGGAGGATCATCAAAATCCAGGACCTTAAAT
tcctgat putative branch site (score: 3)
tttgaaattatattac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagggattaaaaagaaaaagttggacttagttgtgattatctaatcataatcacccaatatcctgatttttttactgcaatatcctgatgttatgttgcctttgaaattatattacttgcagGGGAACAGCACCTTCTCCAAGATTCAACCATGTAGCTGCTCTTTATGATGATAAAATTCTTTATATATTTGGAGGATCATCAAAATCCAGGACCTTAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT