Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctttacttgattgaagttcttgacctgattttgagggcatttttagtgataacaacttaacatgttgcaatttgtatacatacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGGTTACAGGATGCCTACTTGAACAGTTCAGATATTCTGCAGAGCACCATGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G36720.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254346701|gb|GR856423.1|GR856423
EST:     CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAA-TATCTGGAT                         GGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCG
genomic: CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGATgtaagcttta ... catacaccagGG-CCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCG
EST: gi|208259863|gb|GE059305.1|GE059305
EST:     CAGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGAT                         GGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
genomic: CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGATgtaagcttta ... catacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
EST: gi|192312334|gb|FK005338.1|FK005338
EST:     CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGAT                         GGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
genomic: CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGATgtaagcttta ... catacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
EST: gi|254346702|gb|GR856424.1|GR856424
EST:     CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGAT                         GGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
genomic: CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGATgtaagcttta ... catacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
EST: gi|51337572|gb|CO981438.1|CO981438
EST:     CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGAT                         GGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG
genomic: CGGAACCCTTCCCACATGAATTAGTTGATCGCTTAGAAAAATATCTGGATgtaagcttta ... catacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agggcatttttagtgataacaacttaacatgttgcaatttgtatacatacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGGTTACAGGATGCCTACTTGAACAGTTCAGATATTCTGCAGAGCACCATGT
     atttttagtgataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctttacttgattgaagttcttgacctgattttgagggcatttttagtgataacaacttaacatgttgcaatttgtatacatacaccagGGCCTTGAAGAGCTGCTTGTTGATATGTCTTCACTGTTATATGATCATCGGTTACAGGATGCCTACTTGAACAGTTCAGATATTCTGCAGAGCACCATGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA