1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gatccctgattgcatatatgagtatcatttttttttcttgtccacctgtatttcctgtatgatgcaagcacaatttatgaactctgcctatgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTGCTGGTGGTAATGAAGAGAAGCAAAACTCAGATGCAAAAAGTGTGGTGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G04640.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTG GTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAAACAAAAGGTEST: gi|7146716|gb|AW508638.1|AW508638
genomic: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTGgtaagaaatt ... tgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAA-CAAAAGGT
EST: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTG GTTAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAAACAAAAEST: gi|208037693|gb|GD832291.1|GD832291
genomic: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTGgtaagaaatt ... tgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAA-CAAAA
EST: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTG GTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTGEST: gi|208276269|gb|GE080331.1|GE080331
genomic: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTGgtaagaaatt ... tgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTG
EST: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTG GTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTG
genomic: GATGCACAAAGCTCTATAAATGATTTGACTGgtaagaaatt ... tgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTG
ctgtatttcctgtatgatgcaagcacaatttatgaactctgcctatgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTGCTGGTGGTAATGAAGAGAAGCAAAACTCAGATGCAAAAAGTGTGGTGGA
tgtccttc CT-rich tract
aatttatgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatccctgattgcatatatgagtatcatttttttttcttgtccacctgtatttcctgtatgatgcaagcacaatttatgaactctgcctatgtccttcagGTAAGTGGCTTGGAAGTAGACAGATACGTTGTAACTGGGCAACAAAAGGTGCTGGTGGTAATGAAGAGAAGCAAAACTCAGATGCAAAAAGTGTGGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- tccctga
- - - - - tgcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccacct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctgcc