Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgattattcttgtcagttaaataaatttgtttggtattttctattgagttgacaaagtcattctcaaaggtttatcctttcctttatttgtaattgatagGGTTTGGCTGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTCTTCTTGTCATTGTAGTTACTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00630.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os04g51610.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
tgattattc-ttgtcagttaaataaatttgtttggtattttctattg-agttgacaaagtcat--tctcaaaggtttatcctttcctttatttgtaattgatagGGTTTGGCTGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTCTTCTTGTCATTGTAGTTACTG
||   |||          |   ||    |||||  | ||||   ||| || |   |   ||||  | |     ||| ||    |||||| |||||      |||||  |    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||  |||| ||||| |
tggccatttgccacttactgtttatcgctgtttttttttttggtttgtagctataactttcattatttttggagttaattaactccttt-tttgtgt---gtagGGGATAAAAGAAGGCTGGTATGATGGAGCAAGCATTGCTTTTGCTGTTCTCCTAGTTGTTGTTGTTACAG

upper sequence: GLYMA07G00630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
tgattatt-cttgtcagttaaataaatttgtttggtattttctattgagttgacaaagtcattctcaaaggtttatcct-ttcctttatttgtaat-tgatagGGTTTGGCTGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTCTTCTTGTCATTGTAGTTACTG
 | |  |  |||||   |  |     ||| ||   ||  | || |    ||| |  || | |||| |    | |  | | || |||| | | |  | | | ||||| ||   |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||  | |||||||
cggtcttcacttgtttctgcatagtgtttattctataaatcctgt--gattgtcttag-ctttctgattattctgacttgtttctttttctatcttctcacagGGTGTGAAAGAAGGATGGTATGATGGGGGTAGCATTGCCTTTGCAGTGTTTCTTGTTATATTTGTTACTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagttgacaaagtcattctcaaaggtttatcctttcctttatttgtaattgatagGGTTTGGCTGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTCTTCTTGTCATTGTAGTTACTG
 agttgac  putative branch site (score: 4)
                         tttatcctttccttta  putative PPT
                                     tttatttgtaattgat  TA-rich tract