1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tcactctattatttgaattctatgatagtttattattgattttattgttccaaattgatgttgtttctgtttcataattgtgttccattttgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G45160.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|31474417|gb|CD416445.1|CD416445
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|13181293|gb|BG352633.1|BG352633
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGTTGCAEST: gi|22928614|gb|BU545753.1|BU545753
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGTTGCA
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTNNATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|9899156|gb|BE608183.1|BE608183
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|192320764|gb|FK013854.1|FK013854
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGTTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|209700002|gb|BW661218.1|BW661218
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|21887940|gb|BQ741153.1|BQ741153
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|209723674|gb|BW662569.1|BW662569
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|15284739|gb|BI468630.1|BI468630
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATGEST: gi|31459116|gb|CD401144.1|CD401144
genomic: GCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
EST: TCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTGATCGTGCTATGAG GACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
genomic: TCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAGgtagtgttcg ... tgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
tgttccaaattgatgttgtttctgtttcataattgtgttccattttgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
aattgat putative branch site (score: 4)
ttccatttt putative PPT
tttcataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcactctattatttgaattctatgatagtttattattgattttattgttccaaattgatgttgtttctgtttcataattgtgttccattttgtgtttcagGACTGACAGTGCTCTGAAATTTGGCTGGTTCTTCTTGCTTTACATG
-cactcta
- - - - - - -tgaattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgttc