Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagagttctcatcctagactacctgagcggggacatgttcgtataattttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15380.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208248462|gb|GE048117.1|GE048117
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGG-AGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGG
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGG
EST: gi|208079273|gb|GD874957.1|GD874957
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208173020|gb|GD967551.1|GD967551
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGG
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGG
EST: gi|193328896|gb|FK295140.1|FK295140
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|207763803|gb|GD737520.1|GD737520
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|5770590|gb|AI973764.1|AI973764
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGAACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|193686177|gb|FK625528.1|FK625528
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|254343936|gb|GR857692.1|GR857692
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|120530869|gb|EH259002.1|EH259002
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208253995|gb|GE052543.1|GE052543
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|15337539|gb|BI498195.1|BI498195
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCC-ACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
EST: gi|208077286|gb|GD876511.1|GD876511
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208131906|gb|GD926927.1|GD926927
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGNTGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGCGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208112631|gb|GD909234.1|GD909234
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208280557|gb|GE075827.1|GE075827
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGCGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|208111855|gb|GD912331.1|GD912331
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGT
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGT
EST: gi|26268500|gb|CA819563.1|CA819563
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGG
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGG
EST: gi|120534428|gb|EH262561.1|EH262561
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|120534511|gb|EH262644.1|EH262644
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|24136070|gb|BU926580.1|BU926580
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|207690383|gb|GD672986.1|GD672986
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
EST: gi|20449683|gb|BQ253807.1|BQ253807
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGAGGACGTGGAAGGGGG
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGG
EST: gi|6846526|gb|AW348816.1|AW348816
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: gi|42722536|gb|CK768435.1|CK768435
EST:     AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG                         GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA
                                      gtttgat  putative branch site (score: 5)
                     atcttagtataatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tagagttctcatcctagactacctgagcggggacatgttcgtataattttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - -ctcatcc
- - - - - - - - - - - - gagcggg
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtggg