Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agggaagatagtgtactttacacttttatttttctttgatgacagaagcttctagtgatttgataagttgccctaatttttttaaaataaactcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08670.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
agggaagatagtgtactttacacttttatttttctttgatgacag--aagcttctagtgatttgataagttgccctaatttttttaaaataaactcacct--------agGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG
          ||  |  ||| | ||| ||| |   |||||| |     || |  || |    |  | ||||||    |     | ||   ||  | || |        |||| ||       |||||||| ||   ||||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| || |
----------gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG

upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ08853 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
agggaagatagtgtactttacacttttatttttctttgatgacagaagcttctagtgatttgataagttgccctaattttt----ttaaaataaactcacct---agGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG
                                                      || | || | | || |||  | || |      | | || || |  | |   ||||||  || ||   ||  |||||||  ||||| || |||||| ||||||| || || || || |||||||||| ||||||||||||||| || || || |
------------------------------------------------------gtaagtttaaaggtagcctgacttatggaggctgatatcaagtttcttttcagGTCTCGAAATCTAGTGGAGTTGCAACGAGGGTCGAAAGCCAGTTGAAGCTCGTCATCAGACCAATGTACTCAAATCCTCCCATTCATGGGGCTTCAATCG

upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ09053 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
agggaagatagtgtactttacacttttatttttctttgatgacagaagcttctagtgatttgataagttgccctaatttttttaaaataaactcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG
                                             ||| |    ||    |||    ||        |  | | || |    |  |  |||||   || ||   ||  |||||||  ||||| || |||||| ||||||| || || || || |||||||||| ||||||||||||||| || || || |
-------------------------------------------gtaagttaaaggtagcctgac---ttatggaggctgatatcaagtttcttttc--agGTCACGAAATCTAGTGGAGTTGCAACGAGGGTCGAAAGCCAGTTGAAGCTCGTCATCAGACCAATGTACTCAAATCCTCCCATTCATGGGGCTTCAATCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023801|gb|BM094835.1|BM094835
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|6725700|gb|AW310099.1|AW310099
EST:     TGC-AAGAAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: TGCAAAG-AATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|6746798|gb|AW317254.1|AW317254
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254340295|gb|GR858420.1|GR858420
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|15662685|gb|BI700056.1|BI700056
EST:     CAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: CAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|7590445|gb|AW706197.1|AW706197
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254323227|gb|GR840032.1|GR840032
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|8403661|gb|BE059295.1|BE059295
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|19270398|gb|BM886654.1|BM886654
EST:     ATTCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTCAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|7686676|gb|AW757333.1|AW757333
EST:     ATGCACAGAATCTGAGTCTTTATGGTGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GGCTGCAAGTCAGCTGATGTGGCAAGCAGGTTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|37994228|gb|CF805974.1|CF805974
EST:     TTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: TTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|13181381|gb|BG352782.1|BG352782
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254340294|gb|GR858419.1|GR858419
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|209696908|gb|BW660473.1|BW660473
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|254323228|gb|GR840033.1|GR840033
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCG-CTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|120493721|gb|EH221888.1|EH221888
EST:     ATGCAAAGAATTTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|298196784|gb|HO041527.1|HO041527
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|19346696|gb|BM891576.1|BM891576
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|18040205|gb|BM308499.1|BM308499
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
EST: gi|15813436|gb|BI785711.1|BI785711
EST:     ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATT                         GTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA
genomic: ATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaactt ... actcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagcttctagtgatttgataagttgccctaatttttttaaaataaactcacctagGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG
                                            aactcac  putative branch site (score: 2)
                                              ctcacct  CT-rich tract
                            taatttttttaaaata  TA-rich tract