Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttattttgtctctaacacccttcttcctaaaacttggcttttatgttattcggtgttgataaagttatatatctggcatatctttatggttcttagACTCTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCCAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTCCTTAGGAGGCGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G07480.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G07480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT4G32510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtatgttattttgtctctaacacccttcttcc-taaaacttggcttttatgttattcggtgttgataaagttatatatctggcatatctttatggttcttagACTCTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCCAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTCCTTAGGAGGCGG
   | |  || ||    |  |   |  ||||  ||    || |||  |   ||     || |  || || |  ||  ||    || |||  |||||| | |||| || || || ||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||| |||| || || |
--gtatggttatgatgatggcttgcgacttctgtattctttagctgctgcattt----gtatgaatcaaatactaattc----atttctaaatggttgt-agACACTAATCTGTGGCCTACTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATGCACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAG

upper sequence: GLYMA06G07480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g04980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatgttattttgtctctaacacccttcttcctaaaacttggcttttatgttattcggtgttgataaagttatatatctggcatatctttatggttcttagACTCTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCCAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTCCTTAGGAGGCGG
          |  | ||| ||  | |  ||  | |    ||  | | |  | ||||  | | |||    | ||   |||  ||  |   |||     | |||||||| |||| ||| | |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| | |||||||| | || || |
---------gtattttctgacttcttattttgttatttatgtttctgacat-attctatctagattt--tcatgcttctttcacttggctat----ttcagACTCTGCTTTGTGGGTTGCTTGGATTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTCCCACAATCCCCCATGCACACTAAGAGTCTTGCAGTCCTCAAGAAGCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgttattcggtgttgataaagttatatatctggcatatctttatggttcttagACTCTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCCAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTCCTTAGGAGGCGG
            tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                       tctttat  putative PPT
              ttgataaagttatata  TA-rich tract