Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgcagttggcttgggtggattttatcaacagttagcgcatgtctgatgtatttgcaattcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAGCAATTCGGGCAGAGCGTGATTATGTGATCCATGAAGATTTTATGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G03230.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G03230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv18s0001g13090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgagtgcagttggcttgggtggattttatcaaca-gttagcgcatgtctgatg-----tatttgcaatt----cttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAGCAATTCGGGCAGAGCGTGATTATGTGATCCATGAAGATTTTATGAAG
|||||||     |||||||||   ||||| | |   |||  |||||   | |||     | ||  |  ||      | | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||
gtgagtgagagaggcttgggtttgttttaactatttgttgccgcatccttaatggaaaatgttctctgttgcaatcttttcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGTAATGTTTGCACGGAGGCTGGAATGTCTGCAATTCGTGCAGAACGTGATTATGTCATACATGAAGATTTCATGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208099066|gb|GD893933.1|GD893933
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|208330578|gb|GE128029.1|GE128029
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|151393977|gb|EV263848.1|EV263848
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|24135574|gb|BU926084.1|BU926084
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGGTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGGTGATCTTCGGAATGTCTGCACATAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|26058654|gb|CA801568.1|CA801568
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|254346176|gb|GR859789.1|GR859789
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
EST: gi|254346175|gb|GR859788.1|GR859788
EST:     TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGA-GCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGG
genomic: TTGCCAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGG
EST: gi|19346305|gb|BM891185.1|BM891185
EST:     GAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAG                         GGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA
genomic: GAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGgtgagtgcag ... tcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtggattttatcaacagttagcgcatgtctgatgtatttgcaattcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAGCAATTCGGGCAGAGCGTGATTATGTGATCCATGAAGATTTTATGAAG
                           gtctgat  putative branch site (score: 4)
                                            ttcttgt  putative PPT
     attttatcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtgcagttggcttgggtggattttatcaacagttagcgcatgtctgatgtatttgcaattcttgtgcagGGATTTAATGGGGCTGATCTTCGAAATGTCTGCACAGAAGCTGGAATGGCAGCAATTCGGGCAGAGCGTGATTATGTGATCCATGAAGATTTTATGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA