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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattgttttttgattttgtttttcttgatgataaatttagtttatgacgtgctttagaagaatgtatttcttataatttcatgttattggcatttgacagAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00520.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
tattgttttttgattttgtttttcttgatgataaatttagtttatg-acgtgctttagaagaatgt-atttcttataatttcatgttattggcatttgacagAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTT
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upper sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
tattgttttttgattttgtttttcttgatgataaatttagtttatgacgtgctttagaagaatgtatttcttataatttcatgttattggcatttg-acagAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTT
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gaagattaaatggattggcctgt-taactttttaatttgttttcacaaatatcttgggaaacattgaaactattgattttattctgttgtcatttttacagAGATATCGTGAAATAAGCAAGCAAAGACTCGATCGTGCCATTCTCACATTCTTTCAGCATTTTCGAAAGTCTTATGTAGGGGATCAGGCCATGCATTCTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacgtgctttagaagaatgtatttcttataatttcatgttattggcatttgacagAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTT
               aatgtatttcttataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tattgttttttgattttgtttttcttgatgataaatttagtttatgacgtgctttagaagaatgtatttcttataatttcatgttattggcatttgacagAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTT

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