1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttgacatatgtcaacagtcaacttatttctattcgttgcttacatgtgtgtgggaatgacactgagaccaactattcgcttcgtttttttaactgtgcagATATTACTGCAATACTACAATTCTTCACTGCAAATAGATGGGGATTCAAATAAAATTGTTAAATTTGGGGCTGTTGCTAGCATTGGTGGTGGATTAGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G30460.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtgtgtgggaatgacactgagaccaactattcgcttcgtttttttaactgtgcagATATTACTGCAATACTACAATTCTTCACTGCAAATAGATGGGGATTCAAATAAAATTGTTAAATTTGGGGCTGTTGCTAGCATTGGTGGTGGATTAGAAG
ttttaac putative branch site (score: 2)
ttttttta CT-rich tract
tttttttaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgacatatgtcaacagtcaacttatttctattcgttgcttacatgtgtgtgggaatgacactgagaccaactattcgcttcgtttttttaactgtgcagATATTACTGCAATACTACAATTCTTCACTGCAAATAGATGGGGATTCAAATAAAATTGTTAAATTTGGGGCTGTTGCTAGCATTGGTGGTGGATTAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - catatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacta