Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggaagattatgctattcaaatcattttttaaatttccatatatttgaacttcttcttcctaagtatattaattttgtttttgatgtagGTTTGGAGTGTTCCTGAAGTACTTAGACCCCTCTATGAATCACCAAAATTCTTGGCTCAGAAATTGACTACTGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30000.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17022093|gb|BM093127.1|BM093127
EST:     GTGAGGGTGGTGGATCTATCATTCACATTGTTGATCATGTTGATTTAGAT                         GTTTGGAGTGGTCCTGAAGTACTTAGA
genomic: GTGAGGGTGGTGGATCTATCATTCACATTGTTGATCATGTTGATTTAGATgtaaggaaga ... tttgatgtagGTTTGGAGTGTTCCTGAAGTACTTAGA
EST: gi|193530298|gb|FK483697.1|FK483697
EST:     GTGAGGGTGGTGGATCTATCATTCACATTGTTGATCATGTTGATTTAGAT                         GTTTGGAGTGTTCCTGAAGTACTTAGACCCCTCTATGAATCACCAAAATTC
genomic: GTGAGGGTGGTGGATCTATCATTCACATTGTTGATCATGTTGATTTAGATgtaaggaaga ... tttgatgtagGTTTGGAGTGTTCCTGAAGTACTTAGACCCCTCTATGAATCACCAAAATTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttccatatatttgaacttcttcttcctaagtatattaattttgtttttgatgtagGTTTGGAGTGTTCCTGAAGTACTTAGACCCCTCTATGAATCACCAAAATTCTTGGCTCAGAAATTGACTACTGCT
                                      ttttgttttt  CT-rich tract
                          taagtatattaatttt  TA-rich tract