1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtatagaattatttttatggtaactaaatatgaatctactttcatccatattttgatattttaattatgtaataatttgttattcttgaaaatgcagGGACATAACAACATCTTTCCCAAGTTTTATATTTAACTCTAATGTGGATGAGATTACTGCTTAAAGTACAGAGTTTTTAGGTTATGTGATTGGTGGGAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G05580.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTAAAAAGAATCCGTCACTATTAAAAATCATGACCCTTCCTTATCTGAG GGACATAACAACATCTTTCCCAAGTTTTATATTTGACTCTAATGTGGATGAEST: gi|151398929|gb|EV268800.1|EV268800
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genomic: GTTAAAAAGAATCCGTCACTATTAAAAATCATGACCCTTCCTTATCTGAGgtatgtatag ... gaaaatgcagGGACATAACAACATCTTTCCCAAGTTTTATATTTAACTCTAATGTGGATGA
EST: GTTAAAA-GA-TCCGTCACTATTAAAA-TCATGACCCTTCCTTATCTGAG G-ACATAACA-CATCTTTCCCA
genomic: GTTAAAAAGAATCCGTCACTATTAAAAATCATGACCCTTCCTTATCTGAGgtatgtatag ... gaaaatgcagGGACATAACAACATCTTTCCCA
catccatattttgatattttaattatgtaataatttgttattcttgaaaatgcagGGACATAACAACATCTTTCCCAAGTTTTATATTTAACTCTAATGTGGATGAGATTACTGCTTAAAGTACAGAGTTTTTAGGTTATGTGATTGGTGGGAAA
ttttaat putative branch site (score: 3)
atattttgatatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtatagaattatttttatggtaactaaatatgaatctactttcatccatattttgatattttaattatgtaataatttgttattcttgaaaatgcagGGACATAACAACATCTTTCCCAAGTTTTATATTTAACTCTAATGTGGATGAGATTACTGCTTAAAGTACAGAGTTTTTAGGTTATGTGATTGGTGGGAAA
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