Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcacttgccatccttccccgttttatgtgcttgtgtgaaaatggcagtagccttattaactaactaatcctcttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTTGCAACGCACTGTATTCCATCAGCAATGTCTGATGATCTTAAGTCATGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01930.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G01930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv17s0000g07900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
--gttcacttgccatccttccccgttttatgtgcttgtgtgaaaatggc--agtagccttattaactaactaatcctcttat-atgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTTGCAACGCACTGTATTCCATCAGCAATGTCTGATGATCTTAAGTCATGAT
    || ||  |  ||  |  |  | |    || |      | |  | |  | ||   || |    ||     |  | ||   |||||||| ||||| ||| | |  |||||||| |||||||| ||  | || |||||| |||| ||||| || || |||  ||||||||||||||||||| ||||| 
gtcctctctctctctctctatctatctatcttgttctcaacacaccgactcactatttttttctgttactctgtgtttttgcgatgcagATAGTGGTCCTTAGAACAAAGACTGCCAAAGCAGCAACATTGGACATTCTTACAACACACTGCATACCTTCAAAAATGTCTGATGATCTTAAGACATGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192310883|gb|FG998887.1|FG998887
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|23728418|gb|BU762261.1|BU762261
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGTTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|26057704|gb|CA800618.1|CA800618
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATAGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|14991232|gb|BI316905.1|BI316905
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|51345186|gb|CO985919.1|CO985919
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|209699265|gb|BW670227.1|BW670227
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
EST: gi|7590880|gb|AW706623.1|AW706623
EST:     TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAG                         ATAGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT
genomic: TAGAGAGCTGCAATGATGAATATCTAAAATTTGATCTAGATTATGATCAGgttcacttgc ... ttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcttgtgtgaaaatggcagtagccttattaactaactaatcctcttatatgcagATCGTGGTGCTTCGCATGAAGACTGCAAAAGCAGCTACTCTTGATATTCTTGCAACGCACTGTATTCCATCAGCAATGTCTGATGATCTTAAGTCATGAT
                                        tcctcttat  CT-rich tract
                         ttattaactaactaat  TA-rich tract