Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagttcctcaagcttcttctctagtcatttgacttttcatgattttaactgcagtgcatcaatgcatgtcttcaaatgcgaagtcctaaattcccattctgacttcctctgtaaaactttgtagGGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTCAAAACTCATCCAATTAATGTCTTGAACGAAAAGACTCTCAAGGGTACTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G39190.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209721270|gb|BW665764.1|BW665764
EST:     TCTGCATTCGAATGTGTGCATGAT                         GGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC
genomic: TCTGCATTCGAATGTGTGCATGATgtaaagttcc ... aactttgtagGGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC
EST: gi|58020144|gb|CX706886.1|CX706886
EST:     GCACTGGAAGTATCAATGCTATGATCTCTGCATTCGAATGTGTGCATGAT                         GGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC
genomic: GCACTGGAAGTATCAATGCTATGATCTCTGCATTCGAATGTGTGCATGATgtaaagttcc ... aactttgtagGGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC
EST: gi|58023749|gb|CX710490.1|CX710490
EST:     GCACTGGAAGTATCAATGCTATGATCTCTGCATTCGAATGTGTGCATGAT                         GGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC
genomic: GCACTGGAAGTATCAATGCTATGATCTCTGCATTCGAATGTGTGCATGATgtaaagttcc ... aactttgtagGGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttcaaatgcgaagtcctaaattcccattctgacttcctctgtaaaactttgtagGGATGGGGTGTTGCTGTACTTGTTGGTGTGCCAAATAAAGATGATGCTTTCAAAACTCATCCAATTAATGTCTTGAACGAAAAGACTCTCAAGGGTACTT
                           ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                          taaaacttt  TA-rich tract