1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagtagtcttttcattttgtgttttaaaaacctccaagtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAACAATCAAAATGAAGTCCTGAAGCTACTTGAGAAAGATGCTTTTCTGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G12950.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCTATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|254338267|gb|GR849792.1|GR849792
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|9898733|gb|BE607701.1|BE607701
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|213611202|gb|DB975020.1|DB975020
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|31458856|gb|CD400884.1|CD400884
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTG-AAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|23726172|gb|BU761069.1|BU761069
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|193381583|gb|FK348910.1|FK348910
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAA-EST: gi|4313567|gb|AI460686.1|AI460686
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|17400643|gb|BM177425.1|BM177425
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|193716474|gb|FK652506.1|FK652506
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: GAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|14126715|gb|BG791153.1|BG791153
genomic: GAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: GCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|6724720|gb|AW309053.1|AW309053
genomic: GCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|9564642|gb|BE474151.1|BE474151
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|10256002|gb|BE823768.1|BE823768
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|254338266|gb|GR849791.1|GR849791
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|31472310|gb|CD414338.1|CD414338
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: AAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|209727250|gb|BW663311.1|BW663311
genomic: AAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|58018407|gb|CX705149.1|CX705149
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|208034626|gb|GD836790.1|GD836790
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|14999888|gb|BI320702.1|BI320702
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|9258071|gb|BE346218.1|BE346218
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAA
gatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAACAATCAAAATGAAGTCCTGAAGCTACTTGAGAAAGATGCTTTTCTGTAA
tgctttttccctcgtt CT-rich tract
ttaattaggtttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtagtcttttcattttgtgttttaaaaacctccaagtattaattctattgcttaattgcgtacaaaactatttagtgactattgatgcttaattaggtttaatcatgtatagtgctttttccctcgttcaatttgcagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATAGATGTTGCGAAGCTAAACAATCAAAATGAAGTCCTGAAGCTACTTGAGAAAGATGCTTTTCTGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG