Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttggtacacctgatgtatatagtttcatttccttatatttgatataatgccttaatcttcatattgttgatatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCGGAGCAATGGTCCAAGTGGGCAGCCAGGGCGAGGAGGAGGAGGAGCTAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G42150.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|214008102|gb|DB988489.1|DB988489
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|22927679|gb|BU544826.1|BU544826
EST:     ATGCAAATGGTTNCAATGATGTTACCAGATGGTCGAANNNGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|208226463|gb|GE021478.1|GE021478
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|7591030|gb|AW706771.1|AW706771
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAGCAACCCGGTGTACAAGTGCGACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGAT
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGAT
EST: gi|193369095|gb|FK334803.1|FK334803
EST:     TCGAATTGGCTATTGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATC
genomic: TCGAATTGGCTA-TGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATC
EST: gi|193323719|gb|FK291243.1|FK291243
EST:     TCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: TCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|213592623|gb|DB979414.1|DB979414
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|18040678|gb|BM308972.1|BM308972
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCG
EST: gi|207836169|gb|GD807440.1|GD807440
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT                         TCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAAT
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggt ... tatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttccttatatttgatataatgccttaatcttcatattgttgatatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCGGAGCAATGGTCCAAGTGGGCAGCCAGGGCGAGGAGGAGGAGGAGCTAGT
                                       tgttgat  putative branch site (score: 4)
       ttatatttgatataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttggtacacctgatgtatatagtttcatttccttatatttgatataatgccttaatcttcatattgttgatatgttgcagTCAACAACCCGGTGTACAAGTGCCACCTGCCCGACCCCGCAGAAATGATCGGAGCAATGGTCCAAGTGGGCAGCCAGGGCGAGGAGGAGGAGGAGCTAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT