Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttcatgttttgtggatatatttaattctggctaaaaatatgaataaagggacacctcaaacagatatttttaggaagttttcttttagtaggtctttcggtgagttaatataccttttgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAGGAGGTGTTGCAGTATGCAAGAGTTGTAATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G38810.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G38810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: PP1S63_54V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
gtaagttttcatgttttgtggatatatttaat-tctggctaaaaatatgaataaagggacacctcaaacagatatttttaggaagttttcttttagtaggtctttcggtgagttaatataccttttgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAGGAGGTGTTGCAGTATGCAAGAGTTGTAATTG
                      || |  | || | ||  |   |||||  ||   |  ||||  ||   |||| ||| |      | || | |       || |  ||     ||||||     |   ||  ||||| || ||| | || ||||||   |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||   |||||||||||  | | | | ||||
----------------------taaagctgatgtttgagtctgaatattgatcttgt-acactacagtaagatctttgtcactgatcttttct------atcctcgggct--ctaatatg----tgaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTGGAGCTCCAAATGAAGAAGAGACTTTGCAGTATGCCCGTGCTTTGATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193548970|gb|FK505377.1|FK505377
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTCGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTAGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
EST: gi|58024571|gb|CX711312.1|CX711312
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
EST: gi|6228216|gb|AW156815.1|AW156815
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
EST: gi|151402134|gb|EV271947.1|EV271947
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
EST: gi|58021506|gb|CX708247.1|CX708247
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
EST: gi|58018692|gb|CX705434.1|CX705434
EST:     TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACG                         GTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT
genomic: TATGGACAATGGTAGCAGGAGGTGGTGCAAGTGTAATTTATGCTGATACGgtaagttttc ... tgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaagttttcttttagtaggtctttcggtgagttaatataccttttgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAGGAGGTGTTGCAGTATGCAAGAGTTGTAATTG
                              agttaat  putative branch site (score: 4)
                                        ccttttgttt  putative PPT
                                ttaatatacctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttttcatgttttgtggatatatttaattctggctaaaaatatgaataaagggacacctcaaacagatatttttaggaagttttcttttagtaggtctttcggtgagttaatataccttttgtttactagGTTGGAGATTTAGGCTATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCTGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAGGAGGTGTTGCAGTATGCAAGAGTTGTAATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA