1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tatatttatcttgcttacacaatcatattttttgttgttatgggcattaatctggatttgaatattttgttgaataactgattgttgcaatgtgttttagGTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTTGAAGAGGCGGGAATGGGTGGTGGTGGCGGCGGTTTCAACCCTTTTGGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G33710.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGGGAAGAAGCAGAGGCTCAATTCCGAGAAATCGCTGCTGCATATGAG GTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTTEST: gi|17153278|gb|BM143211.1|BM143211
genomic: AGAGGGAAGAAGCAGAGGCTCAATTCCGAGAAATCGCTGCTGCATATGAGgtctattact ... tgtgttttagGTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTT
EST: AGAGGGAAGAAGCAGAGGCTCAATTCCGAGAAATCGCTGCTGCATATGAG GTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTT
genomic: AGAGGGAAGAAGCAGAGGCTCAATTCCGAGAAATCGCTGCTGCATATGAGgtctattact ... tgtgttttagGTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTT
attaatctggatttgaatattttgttgaataactgattgttgcaatgtgttttagGTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTTGAAGAGGCGGGAATGGGTGGTGGTGGCGGCGGTTTCAACCCTTTTGGTG
atttgaatattttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatatttatcttgcttacacaatcatattttttgttgttatgggcattaatctggatttgaatattttgttgaataactgattgttgcaatgtgttttagGTTCTCAGCGACGAAGACAAGCGTGTAAGATATGACAGAGGGGAGGACCTTGAAGAGGCGGGAATGGGTGGTGGTGGCGGCGGTTTCAACCCTTTTGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - -tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaataac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgca