1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtttgcttacacactttttccctctatttttattgttaccaactctaatgttgatccttcttaatgttgaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGAAGCATGGAGATACTGCTTTTAGAGCTAAGGACTTTGTTACTGCCATTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G15830.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAG CTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGEST: gi|151395783|gb|EV265660.1|EV265660
genomic: GTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAGgtttgcttac ... gaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAG
EST: AAATATTGGAGAAAACTGGTTACAAGGATGATGAAGAAATTGCCAATGAG CTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGEST: gi|11689140|gb|BF596816.1|BF596816
genomic: AAATATTGGAGAAAACTGGTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAGgtttgcttac ... gaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAG
EST: AAATATTGGAGAAAACTGGTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAG CTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGEST: gi|14125208|gb|BG789646.1|BG789646
genomic: AAATATTGGAGAAAACTGGTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAGgtttgcttac ... gaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAG
EST: GTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAG CTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAG
genomic: GTTACAAGGATGATGAAGGAATTGCCAATGAGgtttgcttac ... gaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAG
ctatttttattgttaccaactctaatgttgatccttcttaatgttgaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGAAGCATGGAGATACTGCTTTTAGAGCTAAGGACTTTGTTACTGCCATTG
tcttaat putative branch site (score: 3)
tttattgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgcttacacactttttccctctatttttattgttaccaactctaatgttgatccttcttaatgttgaaactgcagCTTTCCTTTCAATTGTGGACCAGTCAAATGCAAGAGACCTTGAATTTGAAGAAGCATGGAGATACTGCTTTTAGAGCTAAGGACTTTGTTACTGCCATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT